Tay chân miệng và một bệnh lý truyền nhiễm có thể xảy ra ở mọi lứa tuổi. Trẻ dưới 5 tuổi chiếm tỷ lệ mắc bệnh cao nhất và trẻ dưới 3 tuổi là đối tượng dễ gặp các biến chứng nhất. Tại Việt Nam, bệnh tay chân miệng thường bùng phát mạnh vào khoảng tháng 3-5 và tháng 9-12.
Trẻ nhỏ dưới 5 tuổi là đối tượng có nguy cơ mắc bệnh cao nhất bởi lúc này hệ miễn dịch chưa hoàn thiện. Trẻ lớn hơn và người lớn cũng có nguy cơ mắc bệnh nhưng tỷ lệ thấp hơn. Ở vùng ôn đới, bệnh xảy ra nhiều nhất là vào mùa hè và đầu mùa thu. Riêng những quốc gia thuộc vùng có khí hậu nhiệt đới, bệnh có thể xảy ra quanh năm. Nếu trẻ nhỏ thường xuyên đến những nơi công cộng như nhà trẻ, sân chơi kém vệ sinh… sẽ có nguy cơ mắc bệnh cao hơn.